Виктор Петрович Якушев работает в Агрофизическом институте с 1976 года; с 1996 года назначен директором института. В 1982 году защитил кандидатскую диссертацию, а в 1995 году - докторскую диссертацию по теме: «Компьютерная система технологических решений в земледелии и растениеводстве (методология и реализация).

Научная деятельность Якушева В. П. неразрывно связана с ведущими проблемами земледельческой науки, включая её математическое и информационное обеспечение. Его научные труды являются фундаментальной основой комплексных исследований по разработке математического описания продуктивности агроэкологических систем, а также проблемы получения программируемых урожаев. Им разработаны теоретические основы построения и практически реализованы системы автоматического сбора, компьютерной обработки и хранения информационной базы моделей полевых культур, которые позволили использовать результаты математического моделирования в практической деятельности.

В.П. Якушевым разработаны теоретические основы построения и структуры проблемно ориентированных баз знаний и данных, которые позволяют создавать эффективную систему представления, формализации и извлечения агротехнологических знаний и информации на основе единого системного подхода; им также предложен понятийный аппарат компьютерного описания технологических операций и агротехнологий в целом, что обеспечивает электронное представление описательных и процедурных знаний в агрономии на основе естественно-языкового общения с ЭВМ и позволяет проводить специализированную обработку знаний.

Сформулированная В.П. Якушевым теоретическая и методологическая база построения единого компьютерного пространства в области агрономии и современное состояние компьютерных сетей открывает возможность создания единого центра аккумуляции накопленных в агрономии и смежных с ней науках декларативных и процедурных знаний для широкого повсеместного практического их использования. Огромный интерес представляют работы В.П. Якушева с сотрудниками по сопряжённому применению математических моделей и геоинформационных систем (ГИС) в агрофизике и агрономии; разработана и реализована ГИС-методология многокритериальной оценки земельных участков на основе теории нечётких множеств и показаны новые подходы к управлению землепользованием.

Приоритетная проблема повышения устойчивости и продуктивности агроэкосистем выдвигает настоятельную потребность увеличения интенсификации исследований в опытном деле. Учёными Россельхозакадемии предпринимаются попытки в обновлении концепции методологии опытного дела. Сформулированные в этом направлении В.П. Якушевым агрофизические подходы к решению проблемы экологической гармонизации в земледелии и растениеводстве, разработанные методологии и предложенные современные алгоритмы обработки и интерпретации экспериментальных данных, включая параметрические и непараметрические подходы статистического исследования, вносят существенный вклад в решение первоочередных задач научного обеспечения АПК России. Математически доказано, в частности, при каких исходных экспериментальных данных можно найти точное аналитическое решение оптимизационной задачи оценки момента времени проведения агротехнических мероприятий.

В.П. Якушевым творчески применены и развиты новые информационные технологии в земледелии, которые отражены в десяти коллективных монографиях, а также более чем в 200 печатных работах, опубликованных в отечественных и зарубежных изданиях, доложены на Всероссийских и международных конференциях. Уровень опубликованных разработок выполнен В.П. Якушевым, как правило, на стыке таких наук, как агрофизика, агрономия, почвоведение, агрометеорология, информатика, прикладная математика, что свидетельствует об эрудиции и высокой профессиональной подготовке соискателя.

В.П. Якушев – член Бюро Отделения Земледелия и член Президиума Северо-Западного регионального научного центра Россельхозакадемии, является руководителем научно-технической программы «Агрофизика» 2006-2010 гг. и председателем координационного совета по данному направлению.

В.П. Якушев – председатель докторского диссертационного Совета по специальностям «Агропочвоведение, агрофизика» и «Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ». Им проведена большая работа по подготовке специалистов высшей квалификации по проблемам агрофизики и информатики. Под его руководством подготовлены три докторские и пять кандидатских диссертаций.

В.П. Якушев является инициатором и организатором работы по интеграции научных исследований с ВУЗами и научными учреждениями страны. Он является с 2005 года Председателем Государственной экзаменационной комиссии в Санкт-Петербургском Государственном политехническом университете.