Агрофизический научно-исследовательский институт выполняет научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы в соответствии с Государственным заданием и Программой фундаментальных научных исследований государственных академий наук на 2013-2020 годы по следующим направлениям:
10.2 Земледелие.
142. Фундаментальные основы создания систем земледелия и агротехнологий нового поколения с целью сохранения и воспроизводства почвенного плодородия, эффективного использования природно-ресурсного потенциала агроландшафтов и производства заданного количества и качества сельскохозяйственной продукции.
10.4 Растениеводство.
150. Фундаментальные основы управления селекционным процессом создания новых генотипов растений с высокими хозяйственно-ценными признаками продуктивности, устойчивости к био и абиострессорам.